สถาบันวัฒนธรรมศึกษากัลยาณิวัฒนา มหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ วิทยาเขตปัตตานี ได้เริ่มดำเนินโครงการเมื่อปี พ.ศ. 2520 ตามแผนพัฒนาการศึกษาระดับอุดมศึกษา ระยะที่ 4 (พ.ศ.2520 – 2524) ภายใต้ชื่อโครงการจัดตั้งศูนย์การศึกษาเกี่ยวกับภาคใต้ เพื่อทำหน้าที่ด้านการศึกษา ค้นคว้า วิจัย การส่งเสริม สนับสนุน การอนุรักษ์ เผยแพร่ศิลปวัฒนธรรม ประเพณีและวิถีชีวิตของชุมชนภาคใต้และได้เก็บรวบรวมศิลปะโบราณวัตถุ ศิลปหัตถกรรมพื้นบ้าน ในแผนพัฒนาการศึกษาระดับอุดมศึกษา ระยะที่ 7 (พ.ศ.2525 2529) โครงการจัดตั้งศูนย์การศึกษาเกี่ยวกับภาคใต้ ได้รับการบรรจุเรื่องจัดตั้งหน่วยงานภายใต้ชื่อ “สถาบันศิลปวัฒนธรรม” ทำหน้าที่ด้านการทำนุบำรุง ถ่ายทอดคุณค่าทางศิลปะและวัฒนธรรม และเพื่อให้ภาระหน้าที่ของ “สถาบันศิลปวัฒนธรรม” ครอบคลุมภารกิจด้านวัฒนธรรมในทุกๆ ด้าน จึงเปลี่ยนชื่อโครงการเป็น “สถาบันศิลปะและวัฒนธรรม” แต่จากการสัมมนาผู้ทรงคุณวุฒิ เมื่อวันที่ 7 ตุลาคม 2538 ให้เปลี่ยนชื่อเป็น “สถาบันวัฒนธรรมศึกษา” เพราะศิลปะเป็นส่วนหนึ่งของวัฒนธรรม และสื่อให้เห็นภารกิจที่ดำเนินการได้ชัดเจน

ในปี พ.ศ. 2545 คราวประชุมสภามหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ ครั้งที่ 254 (4/2545) เมื่อวันที่ 1 มิถุนายน 2545 และครั้งที่ 255 (5/2545) เมื่อวันที่ 13 กรกฎาคม 2545 มีมติให้ประกาศจัดตั้ง “สถาบันวัฒนธรรมศึกษากัลยาณิวัฒนา” เป็นหน่วยงานภายในมหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ เทียบเท่าคณะฯ และได้รับพระกรุณาธิคุณจากสมเด็จพระเจ้าพี่นางเธอ เจ้าฟ้ากัลยาณิวัฒนา กรมหลวงนราธิวาสราชนครินทร์ ได้ประทานนามหน่วยงาน

สถาบันวัฒนธรรมศึกษากัลยาณิวัฒนา วิทยาเขตปัตตานี ภายใต้การดำเนินงานในช่วงระยะเวลาตั้งแต่กรกฎาคม พ.ศ. 2559-2563 มีภารกิจสำคัญคือทำนุบำรุงและถ่ายทอดคุณค่าทางศิลปะและวัฒนธรรมของชาติ ภายใต้วัตถุประสงค์ คือ เป็นแหล่งศึกษา วิจัย สะสมองค์ความรู้ รวบรวมข้อมูล และจัดกิจกรรมการเรียนรู้ เป็นศูนย์การเรียนรู้ตลอดชีวิต และให้บริการสารสนเทศด้านศิลปะและวัฒนธรรม แก่นักศึกษา บุคลากรและประชาชนทั่วไป รวมถึงเป็นหน่วยงานประสานความร่วมมือกับองค์กรต่างๆ ทั้ง ภายในและภายนอกมหาวิทยาลัย การดำเนินงานทางด้านวัฒนธรรมจึงมีการดำเนินการควบคู่ทั้งด้านการอนุรักษ์ การฟื้นฟู การพัฒนา ตลอดจนการสร้างสรรค์ ท่ามกลางกระแสสังคม และเศรษฐกิจของโลก การปรับตัวในการดำเนินงานทางด้านวัฒนธรรม โดยการอนุรักษ์มรดกศิลปวัฒนธรรมให้คงอยู่ ฟื้นฟูพัฒนา และต่อยอดโดยการใช้องค์ความรู้ทางวัฒนธรรม นำนวัตกรรมก่อให้เกิดให้รายได้เพื่อส่งเสริมเศรษฐกิจฐานรากชุมชนเข้มแข็งบนพื้นฐานของการนำทุนทางวัฒนธรรมก่อให้เกิดคุณค่าและมูลค่าทางเศรษฐกิจ โดยเฉพาะชุมชนในสามจังหวัดชายแดนใต้

มหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ได้ปรับระบบการดำเนินงานไปสู่รูปแบบการเป็นมหาวิทยาลัยในกำกับของรัฐตามพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ พ.ศ. 2559 และตามประกาศมหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ เรื่อง การกำหนดวิทยาเขตและการจัดตั้งส่วนงานมหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ พ.ศ. 2562 ลงวันที่ 27 พฤศจิกายน 2562 ซึ่งได้ประกาศในราชกิจจานุเบกษา หน้า 17 เล่ม 136 ตอนพิเศษ 304 ง ลงวันที่ 13 ธันวาคม 2562 และมีผลใช้บังคับตั้งแต่วันที่ 14 ธันวาคม 2562 มหาวิทยาลัยได้กำหนดให้ สถาบันวัฒนธรรมศึกษากัลยาณิวัฒนา เป็นส่วนงานวิชาการกลางมีบทบาทในการพัฒนากำลังคน วิจัย และพันธกิจเพื่อสังคมในด้านทำนุบำรุงศิลปะและวัฒนธรรมของมหาวิทยาลัย โดยในการดำเนินงานจะเป็นการหลอมรวมหน่วยงานหลัก 2 หน่วยงาน คือ สถาบันวัฒนธรรมศึกษากัลยาณิวัฒนา วิทยาเขตปัตตานี และศูนย์ส่งเสริมศิลปะและวัฒนธรรม วิทยาเขตหาดใหญ่ เพื่อให้เกิดการบูรณาการการทำงานร่วมกัน

ต่อมา ภายหลังการบูรณาการการดำเนินงานของหน่วยงานด้านศิลปวัฒนธรรมของมหาวิทยาลัยในช่วงหนึ่ง ศูนย์ส่งเสริมศิลปะและวัฒนธรรม วิทยาเขตหาดใหญ่ ได้มีการปรับบทบาทและโครงสร้างองค์กร โดยแยกตัวออกไปดำเนินงานภายใต้ โครงการจัดตั้งสถาบันสุวรรณภูมิ มหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ ส่งผลให้ สถาบันวัฒนธรรมศึกษากัลยาณิวัฒนา มหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ ยังคงดำรงสถานภาพเป็น หน่วยงานวิชาการกลาง ของมหาวิทยาลัยที่มีบทบาทหลักด้านการทำนุบำรุงศิลปะและวัฒนธรรม การวิจัย และการบริการวิชาการเพื่อสังคม โดยมีที่ตั้งและฐานการดำเนินงานหลักอยู่ที่ มหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ วิทยาเขตปัตตานี มุ่งเน้นการพัฒนาองค์ความรู้ การอนุรักษ์ ฟื้นฟู และต่อยอดทุนทางวัฒนธรรม โดยเฉพาะในพื้นที่ภาคใต้และจังหวัดชายแดนใต้ เพื่อสร้างคุณค่าเชิงสังคม วัฒนธรรม และเศรษฐกิจอย่างยั่งยืน

สถาบันวัฒนธรรมศึกษากัลยาณิวัฒนาได้พัฒนาการดำเนินงานอย่างต่อเนื่องตามบริบทการเปลี่ยนแปลงทางสังคม เศรษฐกิจ และวัฒนธรรม จากบทบาทดั้งเดิมด้านการทำนุบำรุง อนุรักษ์ และถ่ายทอดคุณค่าทางศิลปะและวัฒนธรรม สู่การเป็นหน่วยงานวิชาการกลางที่ทำหน้าที่เป็นกลไกเชิงนโยบายและเชิงปฏิบัติการในการผลิตองค์ความรู้ การวิจัย และการจัดการความรู้ด้านวัฒนธรรมชายแดนใต้ ในแผนการดำเนินงานระยะ 2569–2573 สถาบันมุ่งเน้นการยกระดับบทบาทดังกล่าวให้มีความชัดเจนและเข้มแข็งยิ่งขึ้น โดยบูรณาการงานวิจัย การเรียนรู้ตลอดชีวิต และการบริการวิชาการเพื่อสังคมเข้าด้วยกันอย่างเป็นระบบ เชื่อมโยงทุนทางวัฒนธรรมกับนวัตกรรมและเทคโนโลยี เพื่อเพิ่มประสิทธิภาพในการสร้างองค์ความรู้ การถ่ายทอด และการนำไปใช้ประโยชน์ในระดับพื้นที่และระดับนโยบาย

การดำเนินงานในระยะต่อไปให้ความสำคัญกับการขับเคลื่อนวัฒนธรรมชายแดนใต้ในฐานะทรัพยากรเชิงยุทธศาสตร์ของการพัฒนา โดยส่งเสริมการมีส่วนร่วมของชุมชน เครือข่ายทางวิชาการ และภาคีความร่วมมือทั้งภายในและภายนอกมหาวิทยาลัย เพื่อร่วมกันพัฒนาแนวทางการอนุรักษ์ ฟื้นฟู และสร้างสรรค์วัฒนธรรมที่สอดคล้องกับบริบทสังคมร่วมสมัย พร้อมทั้งต่อยอดองค์ความรู้สู่การสร้างคุณค่าทางสังคมและเศรษฐกิจ อันนำไปสู่การยกระดับคุณภาพชีวิต เสริมสร้างความเข้มแข็งของชุมชน และการพัฒนาพื้นที่ชายแดนใต้อย่างสมดุลและยั่งยืนในระยะยาว